Otro de los problemas que se plantean en las democracias actuales en relación con los derechos a la libertad ideológica y religiosa es la objeción de conciencia. Antes de adentrarnos en la objeción de conciencia, conviene diferenciarlo de la desobediencia civil, dos conceptos que no deben confundirse.
Para entender la diferencia entre ambos, debemos partir de la existencia de un deber general de obediencia al Derecho; el artículo 9.1 de la Constitución establece la obediencia al derecho por imperativo constitucional. En consecuencia, el Estado no puede hacer depender el cumplimiento de las normas jurídicas de la voluntad de los destinatarios.
Partiendo de esta premisa, la objeción de conciencia se configura en nuestro ordenamiento jurídico como un derecho que crea el legislador con la finalidad de eximir a una persona del cumplimiento de una norma jurídica concreta, por razones de conciencia. En consecuencia, no estamos ante un derecho fundamental y, además, debe ser un derecho excepcional y sujeto a condiciones especialmente estrictas fijadas en la ley, en la medida en que la exención de la conducta no deberá menoscabar los derechos de aquellas personas que se pudieran ver afectadas. En definitiva, se trata de resolver un conflicto entre conciencia individual y cumplimiento de las normas jurídicas.
La Constitución española recoge de manera expresa, en su artículo 30.2, únicamente la objeción de conciencia al servicio militar, hoy inaplicado al desaparecer este deber constitucional.
En definitiva y, con fundamento en el artículo 16.1 de nuestra Constitución, tendrían cabida en nuestro ordenamiento jurídico aquellos supuestos de objeción de conciencia que decidiera el legislador, insistiendo en su carácter excepcional. Sirva como ejemplo, la Ley orgánica 2/2010, de 3 de marzo, de Salud sexual y reproductiva de la mujer y de la interrupción voluntaria del embarazo que regula la objeción de conciencia al aborto, precisamente para garantizar tanto el derecho de la mujer contemplado por el legislador, como el derecho del facultativo a no intervenir por razones de conciencia.
Las diferencias con la desobediencia civil son claras: la desobediencia civil carece de cobertura legal y, en consecuencia, implica asumir una sanción de incumplimiento del ordenamiento jurídico. En cuanto a los motivos del sujeto, no hay diferencia con los del objetor, esto es, razones de conciencia.